Une complication rare de la maladie est les crampes musculaires, l’ostéoporose, la malnutrition aiguë et évidente avec des renflements et une ascite dans les membres. La maladie peut affecter le système nerveux de manière inconnue, entraînant un engourdissement des membres avec une ataxie cérébrale en raison de sa calcification dans le cervelet, et les maladies associées, que les médecins ont remarquées chez les patients souffrant d’intolérance au blé plus que chez les autres maladies allergiques et auto-immunes , qui comprennent la maladie de Hashimoto qui affecte la glande thyroïde et le diabète de type I et la maladie de Schugren, et les maladies associées ainsi que la maladie inflammatoire de l’intestin, la maladie chronique du foie, l’épilepsie et la cirrhose biliaire primitive
La carence en antibiotiques est également plus fréquente chez les personnes allergiques au blé, et des complications à long terme de l’ostéoporose se produisent même chez les patients qui adhèrent à des aliments sans gluten.