Quant à la localisation de l’ulcère, elle se situe dans le système génito-urinaire. Chez les hommes, l’ulcère de syphilis apparaît sur le pénis surtout à l’avant (gland du pénis) ou à l’intérieur de l’urètre, suivi d’une sécrétion visqueuse du canal, soit chez la femme, l’ulcère apparaît sur la vulve, l’urètre et le col de l’utérus. Chez les femmes, le premier stade n’apparaît pas parfois et la maladie est diagnostiquée au deuxième stade. La syphilis a été trouvée sur les lèvres, l’anus, les doigts, le pharynx, la langue et les mamelons chez 10% des personnes infectées.
Après environ une semaine d’ulcères, les ganglions lymphatiques gonflent, et parce que le système reproducteur est infecté, les ganglions lymphatiques qui gonflent sont les ganglions lymphatiques de l’aine vers la zone pubienne supérieure sur les côtés et le haut des cuisses, et guérissent généralement les ulcères dans les 4 -8 semaines automatiquement ou avec la cure.